Odile a effectué ces recherches pour vous répondre :
Si la NBI a été supprimée en début de CITIS, cela voudrait dire que votre emploi a été déclaré vacant dès le début du CITIS, et que vous avez été immédiatement remplacée.
Si tel est le cas cela ne paraît pas conforme à ce qui est écrit dans la fiche 5 du guide pratique du CITIS de la fonction publique , en ce qui concerne les 12 premiers mois de congé consécutifs.
Au-delà, l’administration peut déclarer le poste vacant, et dans ce cas le versement de la NBI est supprimé.
Extrait fiche 5 point 2) situation de l’agent en CITIS :
e) vacance d’emploi
Pendant les 12 premiers mois d’un CITIS l’agent blessé ou malade conserve son emploi. Au-delà, la l’administration peut déclarer la vacance d’emploi. La déclaration de vacance d’emploi ni obligatoire ni automatique après 12 mois de congé.

www.fonction-publique.gouv.fr/toutes-les-publications/guide-pratique-des-procedures-accidents-de-service-maladies-professionnelles#decision_employeur