Pour un fonctionnaire, seuls les jours de service comptent pour valider un trimestre (cette fiche 48).
Mais d’après votre question, je suppose que vous n’êtes pas fonctionnaire titulaire mais contractuel. Dans ce cas vous cotisez pour la retraite jusqu’au plafond et c’est ce montant qui permet d’attribuer des trimestres (fiche 19). Pour le fractionnel, cela dépend de la déclaration de l’employeur à l’Urssaf. S’il attribue le deuxième versement à une autre année et refait donc un bulletin de salaire et paie des cotisations sociales en conséquence.